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第一点，微信原生小程序使用的是微信制定的标准，HTML语义有限，完成以后需要经过微信审核，审核通过方可发布。而微信网页版小程序一经成功发布，事后可以随时随意修改小程序的内容，避免了每一次版本更新都要再提交审核的麻烦。因为网站源码就在品牌自己的手中。

第二点，两者运行环境不同

应用HTML5的网页版微信小程序的运行环境即包括webview的浏览器本身。而微信小程序的运行环境则类似一个并不完整的浏览器，在此处将微信小程序的运行环境形容为“不完整的浏览器”有着以下几个原因：

1、微信小程序在其开发过程中将会使用到部分与HTML5相关的技术。

2、微信小程序完成之后，需要将其提交给微信进行审核，而微信可以在微信本身版本不进行更新的情况下将小程序的更新实装到微信之中。

3、微信小程序的运行环境是微信开发团队基于浏览器内核完全重构的内置解析器，这个内置解析器专门针对微信小程序专了优化，通过与自己定义的开发语言标准配合，从而提升小程序的运行性能。

第三点，两者开发成本不同

原生的微信小程序需要严格按照微信的开发文档以及使用微信规定的语言来开发，为了聘请具有相应能力的人或是让员工学会相关技术，成本将会相对来说有所提高。

但是微信的网页版小程序则只需要开发一个手机网站，即可将其封装成为一个基于浏览器运行的微信小程序，这就意味着任何一个品牌网站都能够被打包成为一个手机网页版微信小程序。

第四点，两者可获取的系统权限级别不同

微信小程序相比起HTML5的网页版应用，可以取得更多的系统权限，并且能够和微信小程序完美契合，微信官方也就此宣称它具有native App的流畅性能，同时这也是微信小程序与网页版小程序相比最大的优势所在。网页版的大多数功能被限定在业务逻辑简单的功能之中的最大原因便是其无法获取足够的系统权限，无法实现较为高级的功能。微信小程序花费更多成本，搭载在更复杂的运行环境下，又被高标准要求所换取的便是优秀的质量和良好的口碑。